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尊龙凯时分子克隆与定点突变流程及要点分析

发布时间:2025-03-30 发布人:尊龙凯时编辑

四、定点突变引物设计与PCR扩增

在进行定点突变实验时,引物设计至关重要。首先,引物设计必须符合以下要求:5'端需包含15-21bp的反向互补区域,且至少有15bp的非互补区域,3'端的反向互补区域GC含量需在40%-60%之间。同时,待突变位点至引物3'端的Tm值应为60°C。根据实验的具体需求,选择合适的模块进行引物设计。

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其次,建议使用与试剂盒配套的扩增模块进行PCR扩增,并通过试验确定适宜的退火温度,进一步优化反应体系与程序。此外,PCR扩增体系中模板质粒的投入量建议在50μl反应体系中使用1ng,并将扩增循环次数控制在35个以内。

扩增产物DpnI消化和纯化回收

1. 取5μl扩增产物进行琼脂糖凝胶电泳,以鉴定是否存在目标大小的条带。如果确认存在目标条带,则将剩余的扩增产物进行DpnI消化处理(45μl扩增产物中加入1μl DpnI,轻轻混匀后,在PCR仪中以37°C反应1-2小时以消化质粒模板,最后在70°C处理15分钟以使DpnI失活)。

2. 推荐采用切胶回收的方法进行纯化(切胶时间控制在3分钟内,以减少紫外线对DNA的损伤),并运用NanoDrop或OneDrop等仪器检测回收浓度,要求达到≥20ng/μl,同时用电泳确认纯化产物是否为单一目的条带。

3. 当回收浓度过低时,可增加反应体系,采用多管反应后单管回收的方法,以提高产品的浓度。

重组反应

在进行连接反应时,按照说明书的要求计算各组分的投入量,体系中各组分的体积应≥1μl;若浓度过高,应进行稀释处理。连接反应的步骤也请按说明书进行,建议在PCR仪中完成。

感受态转化

在转化连接产物时,推荐使用DH5α或Fast-T1等化学感受态细胞。这些细胞不能反复冻结解冻,-80°C取出后最好一次性使用。此外,重组产物与感受态细胞的体积比例应为1:10,推荐10μl重组产物加入100μl感受态细胞,或5μl重组产物加入50μl感受态细胞。热激时间需按照感受态细胞的说明操作进行。

关于平板的抗生素抗性,使用的平板抗性应与转化载体的抗性一致。最后,菌液涂板体积应为100μl,具体操作为将菌液离心(2500×g,3分钟),移去多余的LB培养基后保留100μl重悬液进行涂板,或根据实际情况吸取适宜体积进行涂布。

常见问题分析

1. 如果质粒模板无法正常扩增,首先要检查引物设计的正确性。反向互补区域的长度应在15-21bp之间,GC含量需在40-60%。建议使用CEDesign在线设计工具。

2. 若发现质粒模板存在问题,可以通过凝胶电泳检测模板质量。如果出现开环、线性条带或拖尾等现象,说明模板质量较差,需要重新制备。

3. PCR反应体系或程序设置不当也会影响结果。投入过多模板会抑制PCR反应,比如50μl体系建议投入1ng。同时可根据上下游引物的Tm值进行适当调整,以测试适宜的反应范围。在质粒长度超过8kb时,建议考虑双点或多点突变策略,通过分段扩增实现。

4. 如果非目标位点出现碱基突变,而突变出现在引物自身处,建议重新合成引物进行实验;若突变位于其他部位,应使用高保真酶重新制备模板以进行后续实验。

通过规范化实验流程,以确保重组效率,尊龙凯时致力于提升生物医疗领域的科研质量与效率。